干擾素最常見的副作用是像感冒般的症狀：發燒、疲倦、畏寒、頭痛、肌肉酸痛、食慾不振等，它常在注射後四小時發生，然後持續四小時，通常是在第一劑干擾素注射較明顯，一般而言，一星期之後，大部份的病人，不會產生此類副作用。除此之外，有15%病人會出現輕微掉頭髮，不過停藥後可自然恢復，約30%病人會出現輕微的腹瀉現象，約15%的病人有比較焦慮煩躁，失眠現象，若狀況嚴重，可考慮停藥，約有25%的病人，會出現白血球降低及血小板降低等現象，這正是為何要定期抽血檢查血球的原因，但是較少因血小板及白血球降低而停藥;極少數病人會產生急性精神病、癲癇、腎病、心臟衰竭及中風等，不過這些嚴重的副作用，只見於零星的個案報告，數目是相當少見的。
干擾素的副作用不是接受治療的每個人都會出現，也不是每一種副作用都會出現，大部分的副作用是可以控制並使用藥物來改善的，如：發燒、頭痛、失眠等，在治療過程中，必須定期至門診追蹤檢查，由醫師評估是否需要調整藥物及其劑量。
本文感謝臺大醫院內科部暨肝炎研究中心／劉俊人教授協助審稿